6 декабря 1938 года Япония отказалась дискриминировать евреев, несмотря на давление дружественного ей режима нацистской Германии. «Программу по обращению с евреями» приняли на совещании «пяти министров» спустя месяц после Хрустальной ночи.
Японцы разрешили тысячам еврейских беженцев поселиться в оккупированном Шанхае даже при отсутствии виз и других въездных документов. Японские власти планировали предоставить 600 тысяч евреев убежище в Маньчжурии. Предполагалось, что они сыграют решающую роль в экономическом развитии захваченного региона и помогут наладить контакты с США — японцы считали, что евреи оказывают большое влияние на американскую политику.
Япония изучила принципы организации кибуцев и хотела устроить в оккупированном Китае такие же коммуны. Японцы даже пытались найти сходство между иудаизмом и языческим культом синто.
После заключения военного союза с Германией в сентябре 1940 года Япония продолжала сопротивляться антисемитской политике нацистов. Японцы разрешили въезд беженцам из Литвы и Польши, которые направлялись в голландскую колонию Кюрасао. Японский консул в Вильнюсе Тиунэ Сугихара выдал почти 3500 транзитных виз — по одной на целую семью — без разрешения МИД Японии. Уже уезжая из Литвы, Сугихара передал в окно поезда провожавшим евреям консульскую печать, чтобы те могли изготовить еще несколько виз.
«Даже охотник не может убить птицу, если она летит к нему в поисках спасения», — цитировал он кодекс Бусидо. О своем подвиге он никому не рассказывал, но один из спасенных им евреев сообщил об этом в «Яд ва-Шем», и Сугихару удостоили званием Праведника народов мира.
Многие евреи поселились в Кобе. Профессор Коцуи Сецудзо добился согласия властей на пребывание в городе беженцев из Восточной Европы и сам платил полиции взятки в обмен на безопасность евреев. Когда нацисты вынудили местных евреев закрасить золотую надпись на стене синагоги, губернатор Кобе вызвал главу общины и приказал восстановить все как было. Он заявил, что евреям Кобе нечего бояться.
В 1943 году в Шанхае образовалось гетто из 15 тысяч немецких, австрийских и польских беженцев. Около двух тысяч узников гетто погибли из-за тяжелых условий и бомбардировок.
