Первый полет авиалиний «Эль Аль» состоялся за два месяца до их официального основания. В сентябре переоборудованный военный самолет израильских ВВС вылетел с военной базы Тель-Ноф в Женеву. На борту были первый президент Израиля Хаим Вейцман, его жена Вера и еще 14 человек. Самолет сопровождали четыре истребителя.
Регулярные пассажирские перевозки компания «Эль Аль» начала совершать с лета 1949 года. Самолеты авиакомпании летали из Тель-Авива в Париж, Рим и Лондон. В 1978 году авиакомпания перестала летать по субботам.
«Эль Аль» считается одной из самых безопасных авиакомпаний в мире. На борту во время каждого рейса присутствуют несколько переодетых в гражданское агентов безопасности. Точное их количество неизвестно. Они владеют искусством крав-маги и прячут под одеждой оружие. Кабина экипажа отделена от пассажирского отсека двойной дверью с кодовым замком. Вторая дверь открывается только тогда, когда закроется первая и вошедшего опознает капитан или второй пилот. Кроме того, самолеты оборудованы системами противодействия ракетным атакам.
Такие беспрецедентные меры ввели после серии терактов в 1968-1970 годах. В 1970 году 27-летняя участница Народного фронта освобождения Палестины Лейла Халед и ее сообщник угнали лайнер «Эль Аль». В аэропорту Амстердама ей удалось пронести на борт гранаты, спрятанные в бюстгальтере. Ее не узнали, так она сделала несколько пластических операций. Самолет подлетал к Великобритании, когда террористы бросились к кабине пилотов. Но летчик перевел самолет в крутое пике, и Лейла Халед с сообщником упали на пол, благодаря чему их удалось обезвредить.
Самым трагическим инцидентом в истории «Эль Аль» стала авиакатастрофа рейса L-049 Вена-Тель-Авив в 1955 году. Самолет сбился с курса из-за плохих погодных условий и пересек воздушное пространство Болгарии. Болгарские истребители открыли огонь, и лайнер с 58 людьми на борту взорвался в воздухе. Эта трагедия стала крупнейшей катастрофой в истории израильской авиации. Болгария принесла извинения за «слишком поспешное решение» пилотов истребителей. Летчиков осудили, причем один из них лишился рассудка и попал в психиатрическую больницу
