В 1495 году король Португалии Мануэл I вступил на трон и стал просить руки кастильской принцессы Изабеллы, которая до этого была замужем за его племянником Афонсу.
Изабелла очень любила Афонсу, но пробыла с ним в браке всего год — принц погиб, упав с лошади. Вдова была безутешна и решила, что смерть супруга — Божья кара за то, что евреи, изгнанные из Кастилии, нашли прибежище в Португалии. Она заявила, что выйдет замуж за португальского короля только в том случае, если на его землях не останется иудеев.
В 1496 году Мануэл I издал декрет об изгнании евреев из Португалии, а 19 марта 1497 года заменил его на указ об обязательном крещении всего еврейского населения. Изабеллу это удовлетворило, и в сентябре состоялась свадьба.
Десятки тысяч евреев бежали из Португалии. Тех, кто остался, согнали в лагеря и крестили силой — они стали марранами. Иудеев, которые упорствовали и отказывались принять христианство, подвергли пыткам и смерти. Главного раввина Шимона Маими замуровали по шею.
Многие крестившиеся иудеи исполняли христианские обряды, но втайне жили по законам иудаизма. Жители Португалии ненавидели марранов и криптоиудеев больше всего. Эта ненависть нередко выливалась в насилие. Так, в апреле 1506 года жители Лиссабона убили как минимум полторы тысячи марранов.